2012 : début du génome pour tous ou du tout génétique ? (Part II)

La nouvelle est tombée sur nos télescripteurs le 12 février dernier : il est désormais possible de séquencer la totalité du génome humain pour moins de 1000$ (Nature 475, 278; 2011). C’est ce qu’a annoncé la société américaine Life Technologies qui va commercialiser son séquenceur de dernière génération baptisé Ion Personal Genome Machine. Ainsi donc ça y est : la barrière psychologique du génome à moins de 1000$  est tombée ! 

Quel chemin parcouru depuis le projet de séquençage du génome humain débuté en 1990 et qui a mis 13 ans et 3 milliards de dollars pour aboutir pour un seul génome ! On considère même déjà que d’ici 5 ans, un séquençage de génome sera à peu près instantané et ne coutera pas plus de 50 $. Bientôt, qui sait, aurons-nous tous une carte Vitale contenant notre séquence d’ADN propre. Ce n’est pas une vue de l’esprit : certains proposent que chacun puisse transporter son code génétique dans son smartphone. Ce projet, refusé en France mais accepté aux USA, prévoit l’analyse des informations chargées sur son smartphone et affiche les résultats dans un logiciel iTunes. Alors que dans le reste du monde, les utilisateurs auraient directement accès à leurs données, en France, la séquence du génome est interdite hors prescription médicale. Ainsi, le développement de technologies permettant le séquençage génomique individuel de masse représente aussi bien un enjeu éthique qu’économique ou de santé publique. Certains soulignent la nécessité de développer une législation stricte. En effet, avec les progrès technologiques qui permettront de rendre abordables ces tests, certaines firmes pourraient envisager d’entreprendre des séquençages pour d'autres usages que médicaux. Les compagnies d’assurances américaines appliquent déjà des tests génétiques pour des objectifs strictement d’ordre budgétaire. On s’interroge sur l'importance que prendront ces pratiques confinant à la discrimination génétique, ou d’un « tout génétique » qui occulterait les facteurs environnementaux.

Un enjeu éthique et économique…

Sur le plan scientifique, il ne faudrait pas non plus que la course à la vitesse fasse perdre de vue l'objectif de qualité. Une séquence génétique doit être bonne à 99,99 % pour une médecine personnalisée ou le dépistage de prédispositions à des maladies. Or, les erreurs de séquençage surviennent d’autant qu’il faut déchiffrer 3 milliards de bases. La cellule elle-même fait des erreurs et bien moins qu’une machine, aussi sophistiquée soit-elle. D’autre part, l’interprétation médicale de l’information génétique est très partielle et entachée de grandes incertitudes. En dehors des mutations qui entraînent systématiquement une maladie donnée (comme pour la mucoviscidose ou les myopathies), la composante génétique d’une maladie non génétique implique, elle, des dizaines, des centaines de gènes dont certains variants ont un effet aggravant ou, au contraire, protecteur (ces gènes « modulateurs » valent souvent aussi pour les maladies génétiques elles-mêmes). Les entreprises qui offrent de réaliser un profil génétique ne fournissent à leurs clients que des informations très vagues dont la validité arithmétique est sujette à caution. Par exemple, un « risque d’arthrite rhumatoïde accru de 20 % » est un risque absolu passant de 1 % à 1, 2 %. Les assureurs américains n’hésitent pas à appliquer ces statistiques à des individus dont la corrélation génotype-clinique n’a pourtant que peu de sens. Nos connaissances sont encore très incomplètes. Et l’analyse de cette montagne d’information génétique qui se profile nécessiterait des milliers de chercheurs et un temps que l’on ne peut qu’à peine imaginer. La mise à jour permanente des connaissances sera cruciale pour tirer le maximum de sens clinique des informations génétiques et des biomarqueurs en général.

… et un enjeu de santé publique


Il n’en reste pas moins que la médecine personnalisée n’est pas qu’un fantasme et qu’elle ira en s’accroissant. Les conséquences sur le système de santé seront multiples :
-    on se dirige vers une meilleure rationalisation de l’usage des médicaments, qui s’adresseront à un sous-ensemble de patients génétiquement défini (ce qui poussera les industriels de la pharmacie à modifier leur modèle économique ; fini les blockbusters) mais permettra à l’inverse d’améliorer les essais cliniques en les pratiquant sur des groupes d’individus plus pertinents.
-    la généralisation du diagnostic génétique va s’accentuer, comme par exemple pour tous les cancers
-    les molécules mieux ciblées, efficaces et présentant peu d’effets secondaires compte tenu des profils des patients, remplaceront peut-être les thérapeutiques généralistes, et réduiront les temps d’hospitalisation. Mais il faudra adapter les installations et les personnels hospitaliers à l’obtention et l’interprétation des informations.

La question est moins de se convaincre de ces tendances lourdes que d’en anticiper le calendrier. Si la pratique de la médecine va donc évoluer, formons le vœu (mais nous devrons y veiller) que notre système de santé saura s’adapter à la même vitesse pour permettre à  chacun d’en bénéficier. Formons également le vœu que nos sociétés sauront se prémunir contre les excès d’un tout génétique appliqué à la performance économique plutôt qu’à la médecine…


Serge Braun
18/01/2012


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